আল্লামা আহমদ শফিকে পরিকল্পিতভাবে হত্যার অভিযোগে মামুনুল হকসহ ৩৬ জনের বিরুদ্ধে মামলা হয়েছে। এই মামলায় পিবিআইকে তদন্তের নির্দেশ দেওয়া হয়েছে।
এর আগে হেফাজতে ইসলামের আমির আল্লামা শাহ আহমদ শফিকে পরিকল্পিতভাবে হত্যা করা হয়েছে বলে দাবি করেন হেফাজতে ইসলামের একাংশের নেতারা। আল্লামা শফির মৃত্যুর ঘটনা তদন্তে বিচার বিভাগীয় তদন্ত কমিটি গঠনের দাবি জানিয়েছেন তারা।
১৬ ডিসেম্বর একটি আলোচনা ও মতবিনিময় সভায় প্রধান অতিথি হিসেবে আল্লামা মুফতি ফয়জুল্লাহ বলেন, 'আহম্মদ শফির মৃত্যু স্বাভাবিক নয়।' এসময় অস্বাভাবিকভাবে মৃত্যু হয়েছে উল্লেখ করে সরকারের কাছে বিচার বিভাগীয় তদন্তের দাবি করেন তিনি।